從減重的角度來看，酮體的生理效應包括：抑制大腦的食慾中樞、降低饑餓感，因此，會減少總熱量攝取。台灣肥胖醫學會監事、高雄榮總家庭醫學部社區醫學科主任潘湘如說明，認為，生酮飲食的確能在短期內，達到降低血糖、減重、減脂的效果，其中，體重迅速減輕的原因，是由於肌肉蛋白質分解、脫水。
然而，肌肉不足將會導致基礎代謝下降，對減重是不利的；如果不搭配運動，甚至體重會反彈增加，而且生酮飲食也會增加許多健康風險。
危害1：動脈硬化
有些研究認為，生酮飲食可以降低體脂肪、增加好的膽固醇，也就是血中的高密度脂蛋白，但有些研究則持相反意見。
潘湘如說明，人體血液中的膽固醇，約有75％是從肝臟製造，25％來自於飲食中的飽和脂肪酸，為了維持自然恆定機制，食物中多吃了脂肪，肝臟就減少製造；不過，研究發現，人類的第19對染色體上，帶有Apo E4脂蛋白基因的人，排除血液中低密度脂蛋白的能力會大幅減少，低密度脂蛋白是將膽固醇運送至動脈，過量的低密度脂蛋白會堆積在動脈血管內，就會造成動脈硬化，容易導致心血管疾病、腦中風的發生，也因此，低密度脂蛋白會被稱為「壞膽固醇」。
生酮飲食為了產生酮體，必須攝取大量脂肪，但是，並非所有的脂肪分解，都能產生足量的酮體，產生酮體的最佳來源是中鏈脂肪酸，大部分來自屬於飽和脂肪酸的椰子油，所謂的「防彈咖啡」，就是黑咖啡加奶油及椰子油。
危害2：胰島素不足
生酮飲食模擬人體處於飢餓狀態下，所產生的生理變化，包括血糖及胰島素都會下降，而胰島素能增加肌肉組織蛋白質的合成、促進身體對血糖的利用。簡而言之，能將甲狀腺、性荷爾蒙等轉換成身體可利用的形式，因此，血液中胰島素不足，就會發生異常的生理變化。
包括甲狀腺低下症狀，會出現疲倦、掉髮、肝功能異常；蛋白質分解，造成肌肉抽筋無力、情緒障礙；骨質代謝異常，會造成兒童成長發育遲緩、骨質疏鬆、骨折風險增加；女性則因體重下降及荷爾蒙不足，出現月經不規則，整體因免疫力下降，增加感染風險。
此外，在脂肪分解的過程中，可能造成膽固醇及三酸甘油酯的增加，進而引發急性胰臟炎、心肌炎、心肌梗塞，電解質異常的話，則可能造成心律不整的情況發生。
危害3：酮酸中毒
酮體有利尿、脫水的作用，代謝過程必須經由腎臟排出，在進行生酮飲食時，如果出現口渴、多尿，又沒有補充足夠水分，將造成增加腎臟負擔、腎結石的風險上升，血液酸性增加、電解質不平衡，就有可能造成酮酸中毒。
酮體在血液酸性的狀態下，反而會傷害腦細胞，因此，酮酸中毒的跡象，包括噁心、嘔吐，有可能出現嚴重的腹痛、頻尿、極度口渴等症狀，嚴重的話，恐會發生呼吸困難、意識不清、嗜睡、昏睡，甚至是昏迷。
危害4：膳食纖維不足
在生酮飲食中，包括飯麵、五穀根莖類、水果等低碳水化合物，都要嚴格限制分量，身體長期缺乏水果及全穀類，將會造成礦物質、維生素及膳食纖維群攝取不足，因此，容易導致疲倦、皮膚粗糙。膳食纖維不足，則容易造成便秘、腹脹、消化不良等腸胃症狀。此外，生酮飲食多攝取紅肉，也會增加大腸癌、乳癌的風險。
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