旗山溪與荖濃溪交會匯流進入高屏溪，是大高雄地區民生用水主動脈，也是枯水期間地下水主要供水區域，如何永續地下水資源，是當前重要課題。
經濟部水利署規劃在高屏溪跟荖濃溪上游，設置地下水補注區，112年已設置約11處，總計460公頃，評估一年補注將近1400萬噸補注量。地下水補注區利用疏浚砂石在河床蓋微型土堤，讓水流受阻、流速變慢，增加滯水範圍讓更多水滲入地下，當抽取完地下水後，透過自然入滲補注，就能讓地下水位快速回復平常水位以上，使地下水源得以永續。
地下水補注區利用疏浚的砂石，在河床蓋微型土堤，增加滯水範圍。1960年代起，台灣引進地下水鑿井技術，台灣西半部沿海養殖漁業盛行，大量地超抽地下水，使得地層下陷、海水倒灌，土壤鹽化等問題層出不窮，有關高雄運用地下水資源是否會造成地層下陷，水利署透過長期監控做出釋疑。
經濟部水利署水文技術組科長吳明哲表示，高屏溪沿岸屏東平原地下水區，主要以砂礫石層為主，礫石跟礫石之間顆粒在有地下水的時候，不會有壓密行為，地下水一旦下降，因顆粒與顆粒支撐，不會產生壓密沉陷。另根據屏東科技大學名譽教授丁澈士老師實驗，模擬高雄地區砂礫石層抽水情況，證明砂礫石層比較不會出現地層下陷，民眾不必過度擔心。
礫石間相互支撐，抽取地下水後不會產生壓密現象，出現地層下陷機率相對較低。經濟部水利署南區水資源局副局長何達夫說明，軟礫石層跟粘土層不一樣，粘土層抽水後會下陷，但軟礫石層是一個石頭接著一個石頭，把石頭間水抽掉，抽走得很快補充也非常快，不會有地層下陷問題。專家強調，只要不過度超抽，加上嚴密監測，就不必擔心地層下陷，學者也呼籲，豐水期應多加利用地下水，不僅能夠避免水資源浪費，還能夠防洪減災。
高屏溪擁有豐沛的地下水資源，從鑿井取水到地下水補注，不僅讓水資源得以永續，也成為高雄地區對抗旱象的關鍵利器。
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