子宮內膜異位症會造成不孕，所以在治療此症的考量，首先方向要根據病人的年齡、子宮內膜異位的位置、症狀、還要不要生來決定。
先確定要不要生育
若已經40、50歲，但都沒有症狀，可不用處理；若是30歲左右的育齡婦女或更年輕，長一大顆瘤，怕破掉會造成腹膜炎，最好開刀，但因復發機會高，所以要配合吃藥。
如果患者還要生，瘤也不大顆，要先確定輸卵管有沒有通，若有通，先生精蟲也沒問題，可吃排卵藥，考慮做人工受孕；若瘤長得太大顆，建議要開刀，或是瘤雖然不大顆，但已造成兩邊輸卵管沾黏，就必須開刀。
如果病人沒有再生育的打算，便可使用較治本的方法，例如用藥物或手術的方式。
3種治療方法
1. 藥物治療：若是瀰漫性的子宮內膜異位症，還沒結成瘤，吃藥還有效。但因為吃西藥會抑制排卵，所以若還想生，建議可以先看中醫，讓子宮內膜消退一些。
2. 手術治療：假如已經是長成5公分以上的瘤，不會自己消掉，又擔心破掉會變成腹膜炎，建議應以手術拿掉瘤。然而瘤的大小只是治療的一個方向，若是已經痛到受不了，那麼不論大小，都建議開刀。但有時開不開刀，是兩難的情況！
徹底將病灶完全切除，可使復發的機會大大的降低，但對於還想生的婦女來說，割得愈乾淨，就愈不容易懷孕；對於已經不生的婦女來說，割得太乾淨，就進入了更年期，還要做更年期治療，所以，經常是難以取捨的兩難。
3. 合併藥物和手術治療：若沾黏得厲害，可先用藥物治療再開刀，使病灶的血流減少，有利病灶的切除；或先手術後追加藥物治療，可減少疾病的復發。
若開完刀馬上準備要生，醫師通常會建議患者先去看中醫，因為開完刀之後，西醫通常都是開抑制排卵的口服避孕藥，讓卵巢可以休息，不要有月經，就不會又逆流變成子宮內膜異位症，但是這樣就不能懷孕，所以，才會建議看中醫。
而且依中醫的說法，子宮內膜異位症需要「去瘀化寒」，但因為容易復發，之後月經又來時，又會開始累積，所以，必須從改善免疫力做起。中醫對於提升免疫力也有一套不錯的方法，可減少復發的機會，在子宮內膜還沒累積起來的時候，就可以趁機趕快懷孕。若接受中醫治療，蔡永杰會要求患者每3個月來抽一次血檢查CA-125，並做超音波檢查。CA-125的正常值在35U/ml以下，若開刀完吃中藥後又升高，代表此中藥不適合，會請中醫師改藥。
子宮內膜異位症很難完全好，會跟著患者一輩子，而且慢性疼痛的症狀，常讓患者不敢行房，對夫妻性生活有很大的影響。所以，子宮內膜異位症雖然是良性的疾病，但卻會形成惡性體質，還會擴散，建議盡早處理完、盡早懷孕，根據中醫的說法，可趁坐月子的時候好好調理體質，提升免疫力，以盡量擺脫子宮內膜異位症的糾纏。
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