當免疫力強大到分辨不清細胞的好壞，直接攻擊自體細胞，就會引起自體免疫相關的疾病：
1、類風濕性關節炎
身體免疫系統過度強大，分泌許多抗體，其中包括類風濕性因子，它會攻擊身體的免疫球蛋白IgG形成免疫複合體，而引起發炎。疾病初始會出現局部的關節僵硬疼痛，慢慢侵犯全身關節，導致關節腫脹、變形，甚至損壞，漸漸失去功能而導致殘廢；除了關節外，皮膚、眼睛、血管、神經、肌肉等組織同樣會受到侵襲，是全身性的疾病，因此，有病患稱類風濕性關節炎是「不會死的癌症」。
2、紅斑性狼瘡
以生育年齡的女性患者居多，與遺傳基因有關係，比較特別的是，罹患紅斑性狼瘡的患者，容易因為接觸到紫外線而活化免疫系統，進而引起症狀，包括皮膚黏膜紅腫、起紅疹、口腔黏膜破損、關節炎、腎臟症狀如蛋白尿、容易感冒、感染、淋巴瘤等，嚴重者更會侵犯到中樞神經系統、心臟等。
3、僵直性脊椎炎
因HLA-B27基因的遺傳性，加上感染或受傷等激發因子，導致免疫系統攻擊脊椎及其週圍的韌帶、神經、肌肉等組織，使脊椎鈣化失去彈性，以早晨起床後的背痛、脊椎僵硬為表現，經過一天活動後疼痛會有所減緩，一般來說，休息時的疼痛會比活動時來得輕微。除了脊椎之外，有時疼痛也會蔓延到腿部、膝蓋、髖關節或胸骨間，嚴重時包括眼睛、心臟或肺臟組織也會受到侵襲。
4、休格林氏症
臨床上亦稱「乾燥症」，以眼睛、嘴巴等黏膜部位乾燥為主要表現，容易引發肺纖維化，症狀與紅斑性狼瘡類似，且好發於女性，因此容易誤診。
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