台鐵局4月26日才剛大改點，但為了因應大量新車投入營運及旅運需求，6月28日起將再小改點，共計調整74列次，除有14列次改由EMU3000型新自強號和EMU900型電聯車替駛外，部分班次也延長行駛或增停車站。另外，通勤月票將上路，也可以無限次搭乘台鐵，但台鐵局提醒，通勤月票並非所有台鐵車種都搭乘，如普悠瑪號、太魯閣號、觀光列車等都不能持月票搭乘，違者將要求補票並加收50%票價。
台鐵局指出，配合新車投入營運，以EMU3000型及900型替駛班次：原普悠瑪號222次（樹林-瑞穗）、229次（瑞穗-樹林）及太魯閣號團體列車21次（台東-樹林）、22次（樹林-台東）改由EMU3000型自強號替駛；4030、4033、4019、4032、4035、1140、4028、4037、4050、4003次等10列次區間（快）車改由EMU900型電聯車替駛。
延長行駛班次： 4042次（宜蘭-花蓮）區間快車改由七堵站始發；4191次（蘇澳-鶯歌）、4240次（鶯歌-南澳）區間車延長行駛至桃園；4519次（台東-關山）、4512次（關山-台東）區間車延長行駛至池上。
增停車站班次：EMU3000型自強號411次（台東-樹林）、438次（樹林-台東）增停富里站；EMU3000型自強號371次（台中-台東）、386次（台東-台中）增停新烏日站。；2007次（基隆-二水）、2042次（二水-七堵）區間快車增停社頭站。
台鐵局說，為利轉乘及通勤、通學需要，調整2537次後龍站、2237次豐原站、1701次新竹站、2123次豐富站開車時刻。
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