疫苗爭議持續，資深媒體人黃光芹爆料，時任衛福部長的陳時中「卡疫苗」，以「攤開疫苗採購的老帳本」為題，在臉書還原採購過程，直批當時民間採購BNT疫苗，簽的是4方合約，為了政府堅持修改「復必泰」的標籤，延宕了6周。對此指揮中心表示，某媒體人於臉書貼文，就我國取得BNT疫苗未直接與原廠洽購、堅持標籤名稱造成進貨延宕、收取原本供應他國的200萬劑疫苗，以及要求撤下首批到貨的復必泰布條等節，均屬不實訊息。
黃光芹爆料，民進黨政府對上海復星情有獨鍾，為改掉「復必泰」標籤造成進貨延宕六周，卻又同意接收200萬劑進不了中國的疫苗，郭台銘將直通管道與口頭承諾讓利移交給陳時中，卻被棄如蔽屣，直到來年民怨再起，急需採購BNT兒童疫苗或次世代疫苗時，即使郭台銘又主動跳進來幫忙，但已無力回天。
對此指揮中心今（24）晚發出新聞稿澄清表示，某媒體人於臉書貼文，就我國取得BNT疫苗未直接與原廠洽購、堅持標籤名稱造成進貨延宕、收取原本供應他國的200萬劑疫苗及要求撤下首批到貨的復必泰布條等節，均屬不實訊息。
指揮中心指出，民間採購BNT疫苗所簽署的採購合約，係由民間三單位委託裕利醫藥公司，向原廠代理商復星實業公司（香港復星）購買，並由BNT原廠出具確認書。政府並未參與採購合約簽署，而是與民間三單位簽訂捐贈合約。此節已於行政院2021年7月12日新聞稿詳細說明。
指揮中心表示，對於民間捐贈疫苗的要求，政府僅提出須符合「原廠製造、原廠標籤、直送臺灣」三原則，倘有供應如歐洲等其他國家且可盡早配送的疫苗亦可接受，該媒體人指稱政府堅持標籤形式造成交貨延宕六週，並非事實。後來當民間單位告知政府，有一批復星公司代理的BNT原廠疫苗本要銷往他處，其外盒包裝印有復必泰的品名，瓶身上則有復星醫藥等中文字樣，雖與原合約所定的標示不同，但政府當然以國人健康為最優先考量，同意民間捐贈單位這批可以提早到來的疫苗，只要確保疫苗品質安全無虞，仍然是原廠製造、包裝並直送臺灣，當可在標示方式上給予彈性，此節指揮中心亦於去年8月25日新聞稿說明。
指揮中心強調，關於首批BNT疫苗抵台布條拆除一事，捐贈方包括台積電與永齡基金會等，均已於去年9月對外說明，「裝箱外觀上有不符合捐贈單位先前對政府說明之設計字樣，事先並未告知，因此要求抵台移除」。
至於BNT公司與復星實業公司之代理合約關係，指揮中心表示，自2020年下半年起，即與BNT公司直接聯繫洽購疫苗，但最終我方完成簽署後，因外力因素介入干預致該公司放棄簽署，而政府已多次與BNT公司聯繫直接採購疫苗事宜，但皆獲回應其與復星實業為合作夥伴，無法在採購合約排除其參與。因此政府自去年第4季起，即著手洽購今（2022）年BNT疫苗供應事宜，完成766萬劑BNT疫苗的採購合約簽署，供應民眾接種使用。
指揮中心嚴正表示，該媒體人稱「民進黨政府對上海復星才是情有獨鍾！」，流於主觀恣意評論，無視上述客觀事實，混淆視聽，令人遺憾。相關訊息均已一再澄清，指揮中心盼各界評論時本於事實，勿誤導民眾或扭曲事實，傷害國家整體防疫人員。
責任編輯／林均