根據臨床文獻調查發現，蛀牙與牙周病的細菌種類不同，造成蛀牙的細菌為乳酸鏈球菌（Lactococcus Garvieae）、轉糖鏈球菌（Streptococcus Mutans）等革蘭氏陽性好氧菌，容易附著於牙齒表面；而造成牙周病的細菌則是放線桿菌（Actinomyces Actinomycetemcomitans）、牙齦紫質單孢菌（Porphyromonas Gingivalis）等革蘭氏陰性厭氧菌，附著於牙齦溝或牙周囊袋。
有蛀牙的人更容易有牙周病
國泰綜合醫院口腔醫學科主任楊岳炤表示，雖然形成蛀牙及牙周病的細菌不同，屬於不同的菌種，而且發生在牙齒的位置也不同，但是細菌間並不會相互抵制，因此，並非有牙周病就不會有蛀牙，有蛀牙就不會有牙周病。
由於蛀牙及牙周病，都是口腔衛生環境不佳所造成，根據臨床觀察發現，有蛀牙的人更容易有牙周病，而且因為牙周病患者的牙周環境不佳，也容易增加蛀牙的發生機率，尤其是較為嚴重的牙根型蛀牙。
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蛀牙形成的主要原因，是口腔中的食物殘渣未清潔乾淨，而殘留於牙齒表面形成牙菌斑，長期下來牙菌斑產生酸性物質，並大量繁殖附著在牙齒表面，造成琺瑯質酸蝕、嚴重脫鈣，進而產生蛀洞，好發於幼童及青少年族群，而且牙菌斑堆積鈣化，也會產生牙結石。
牙齦炎持續惡化 就是牙周病了
楊岳炤說明，當牙菌斑及牙結石堆積在牙齦，就會造成革蘭氏陰性厭氧菌孳生，尤其牙結石粗糙表面，容易累積更多牙菌斑，造成牙齦炎、牙周炎，導致牙齦部位發炎、紅腫疼痛、刷牙流血等症狀。
一旦牙齦炎持續惡化，造成齒槽骨及牙周韌帶受到破壞，細菌會入侵牙齦下方的齒槽骨及牙周韌帶，加深牙周囊袋，造成牙齦萎縮、牙根露出、牙齒動搖、口臭等現象，就是牙周病了。
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