行政院宣布10月13日起入境檢疫措施改採0+7，感染科醫師黃立民點出，開放是對的，但還是要監控疫情，要是境外移入個案暴增，則要考慮重回3+4。前疾管局局長蘇益仁則認為，既然政府決定重啟國門，意味著指揮中心已經沒有設置的必要，他預測約10月底，只要國內疫情沒有太大變化，指揮中心就可以解散。行政院長蘇貞昌則回應，目前指揮中心還有責任在身，不會解散。
若境外移入個案暴增 醫籲：要考慮重回3+4
10月13日第二階段邊境鬆綁，將改採0+7上路，入境不用再隔離檢疫，也讓民眾出國意願大增。指揮官王必勝認為，開國門後對本土疫情影響小，但感染科權威黃立民則分析，國門開放是對的，但還是要持續監控疫情，如果本土疫情，依舊卡在高峰，就要彈性緊縮國內防疫措施；但要是境外移入個案暴增，則要考慮重回3+4。
台大兒童感染科醫師黃立民表示，「10月中的時候，國內的疫情會降到山腰還是山谷，這個其實說不準」，國外的疫情也在變動，發現2、3隻新的病毒株，有無慢慢地抬頭、慢慢增加感染者，這個要密切觀察。
國內疫情未到低點 薛瑞元：指揮中心難退場
前疾管局局長蘇益仁則認為，既然決定重啟國門，也意味著指揮中心已經沒有設置必要，只要在入境免隔離新制上路後，觀察兩週時間，要是國內疫情沒有太大變化，指揮中心就能在10月底解散，並將新冠肺炎從第五類 法定傳染病，降為第四類。甚至口罩禁令，也可從「強制」規範，改成「建議」。
不過，新光醫院副院長洪子仁點出，台灣的疫情不比日、韓兩國，確診的7天移動平均值，每百萬人還落在1800人左右，預估要到年底比較有機會把新冠肺炎降級。
洪子仁說，還要監測境外的民眾，入境到台灣指引跟SOP，是否真的能夠對社區的影響的風險為最低，這個需要觀察。而行政院長蘇貞昌表示指揮中心目前還是有責任在身。
衛福部長薛瑞元也強調，國內疫情還沒到低點，專家和政府要負的責任不一樣，指揮中心還不能這麼快退場。
台北／魏于恬、陳建國 責任編輯／殷名慧