健保負擔新制預計5月上路，調整內容包括急診、藥品、慢性處方箋、檢驗檢查都將增加自費額度，此改革就讓醫界擔憂，對低收入戶患者和領取慢箋的病人影響很大。對此，指揮官陳時中表示，「低收跟重大傷病患者仍維持免部分負擔」。
健保負擔新制上路，代表民眾看病負擔加重，其中有51萬人一年平均就要多花3千元看診，指揮官陳時中說，「要到3千元以上不容易，除非常常做電腦斷層等高價相關檢查，才會有這樣的情況。」
而陳時中也提出，最大的改變是「慢箋處方」，原本不須部分負擔藥費，現在調整為上限收20%，其中，基層診所維持跟原本一樣的200元，地區醫院跟醫學中心上限提升至300元。另外，在檢驗檢查部分，如果是列在常規性、全套的生化檢查，陳時中說「都不會超過1千元」，在一般基層診所或地區醫院，費用相對更低。
針對這次的醫療改革，陳時中坦言，希望讓大家有「費用意識」，能讓醫病更能溝通、能更了解所做的檢查及藥物，同時帶著「分級醫療」的鼓勵，例如慢性病患穩定後，可以到社區的開業醫或地區醫院來看診，也建議，若到醫學中心看診，盡量利用「轉診」模式，因為檢驗檢查若經轉診就沒有20%的費用，只有10%，上限也會折半。
陳時中最後強調，「大病到大醫院看，小病到基層看」，兩邊會有更好的服務品質，也希望病患能充分運用轉診服務，讓醫院效率變高，更能集中服務重症病人
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