針對立法院三讀通過《立法院職權行使法》等修正案，行政院長卓榮泰深夜發文表示，台灣社會近期對相關法案的審議過程高度關注，數以萬計的公民在立法院外及全台各地自發集結，用具體行動表達意見，展現出民主社會多元、自由的價值。
卓榮泰表示，向國人報告，行政院依法行政，也包含忠誠守護憲法，因此本次法律修正案有因違憲而致窒礙難行時，行政院將會在收到立法院三讀通過之條文後，研議依憲法增修條文所定之程序，移請立法院覆議。我也尊重民主進步黨黨團將就今日三讀通過之《立法院職權行使法》及《刑法》修正案等聲請釋憲的決定。
卓榮泰表示，民主政治的可貴之處，是經由討論與溝通的過程來建立共識。行政院研議提出覆議的目的，絕不是要升高兩院之間的對立與衝突，而是希望透過憲政運作的過程，能夠讓立法院再一次審視法案的內容，透過民主的對話，回應公民社會與各界的訴求，找出符合憲法與國家利益的最大共識。如此才能穩固民主的根基，政策與法案的品質才能更加提升。
在這次修法的過程中，人民對於立法院未能依照法定程序審查法案，提出諸多質疑。許多條文的內容也有侵害人民權益、違反權力分立，以及例如法律明確性原則等憲法爭議。
卓榮泰表示，這次相關法律修正針對「藐視國會」一事並無明確定義，導致行政團隊將來在立法院說明政策時動輒得咎、無所適從，甚至無法完整澄清與政策相關的虛假資訊。作為憲法最高行政機關首長，我一定會堅定守護行政團隊的尊嚴。此外，法律修正後有關人事同意權的規定，也可能導致憲政機關或其他法定機關之職權的行使，產生困境。至於有關總統國情報告的修正條文，抑或涉及國會調查權的規定等，不僅存在權力分立的爭議，甚至也有過度干預行政權、侵害人民權利的疑慮。這些種種因素，都是行政院認為此次相關修正法案窒礙難行之所在。
透過憲政制度的設計來解決憲政體制面臨的危機，是行政院自始至終的態度和立場。雖然在目前國會生態下，行政院所提之覆議很有可能遭到立法院否決，但是行政院責無旁貸，仍會依憲法增修條文規定之程序，將本次修正案移請立法院覆議，以忠實捍衛憲政程序。
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