前新竹市長林智堅去年九合一大選時，被指控論文抄襲，最後退出桃園市長選戰，之後林智堅2度開記者會，稱是他的論文資料被教授陳明通拿給調查官余正煌抄，余正煌駁斥，並對林智堅提刑事自訴違反著作權法，也向台北地檢署控告他妨害名譽加重誹謗。最新消息指出，林智堅與余正煌雙方達成和解，余正煌撤回院方著作權及檢方妨害名譽訴訟，台北地檢署今（28）偵結，林智堅獲不起訴處分。
林智堅遭指控中華大學碩士及台大國發所碩士論文皆為抄襲，遭兩校撤銷學位，其指導教授、前國安局長陳明通多次發聲，稱林智堅並無抄襲，林智堅也說，陳明通曾提供他的論文初稿給余正煌，當時余正煌面臨畢業年限壓力，兩人論文內容才會雷同。
對此余正煌回應，林智堅所言不實、顛倒是非，認為林智堅涉犯刑法誹謗罪嫌，控告林智堅涉犯誹謗罪，雙方數度隔空交火。
台北地院今年6月安排調解，雙方調解近3小時，林智堅、余正煌也單獨對談40分鐘，最終達成和解，兩人透過律師發出共同聲明表示，雙方已當面充分溝通，化解歧見，林智堅願就台大碩士論文一案造成社會紛擾深感抱歉，並對余正煌及其家人造成諸多困擾深感不捨。
林智堅也在聲明中說，過去在媒體上針對余正煌的批評並不恰當，誠心希望今日雙方調解成立後，雙方之一切回歸正常並順心如意。林智堅並同意捐款30萬元給公益團體，余正煌則同意撤告，雙方不再就此案提出任何訴訟。
另外，由於誹謗罪為告訴乃論罪，余正煌撤告後，北檢今將全案偵結，予以林智堅不起訴處分。
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