即將接任新任閣揆陳建仁今（29）天公布第三波內閣首長名單，國防部長邱國正、外交部長吳釗燮、陸委會主委邱太三全部留任，預定接任行政院發言人的陳宗彥表示，此次陳建仁和總統蔡英文充分討論，以持續落實加強全民國防、國安外交工作零距離、穩健兩岸政策為原則，讓國防外交與兩岸事務等工作，能夠穩健銜接並迅速就定位。
另外，原海基會副董事長兼秘書長詹志宏則將轉任陸委會副主委、原陸委會副主委邱垂正則將轉任海基會副董事長兼秘書長，原先另一位陸委會副主委吳美紅，因具文官資格，故將轉任海委會常務副主委，而其陸委會副主委遺缺將由前台北市議員梁文傑接任，海委會另一位副主委周美伍兼海巡署長留任。
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