九合一選舉民進黨大敗，傳出民進黨內各派系把責任歸究到行政院長蘇貞昌身上，也點名內閣、農委會主委陳吉仲在蛋荒、「班班吃石斑」施政頻頻失靈，應該跟蘇院長同進退負責。對此，陳吉仲今（28）日回應，表示個人去留不重要。
陳吉仲說，還有執行沒有到位、需要檢討的部分都會檢討，「我想個人的去留不重要，只要在這個位子的每一天，一定是竭盡全力，為農民爭取福利、幫農民解決問題」。至於何時回中興大學任教，陳吉仲僅表示，借調有一定的時間。
陳吉仲強調，「我們深刻檢討所有沒有做好的，尤其是農業問題，要一一解決，農民的收入要大幅度提高，我們會做好每一件事情」。
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