日本前首相安倍晉三遭槍殺，副總統賴清德赴日本弔唁並受邀參與家祭，不過前國策顧問金美齡卻指駐日代表謝長廷缺席陪同，導致差點沒人可以帶賴清德入場，引發一連串「賴清德參加安倍家祭被落單」、「駐日代表處沒有做事」的爭議，對此謝長廷親自還原當天過程，表示自己沒受邀參與家祭，所以才不便前往，而代表處盡力協助處理相關訪日事宜，是份內該做的事，但不能說沒做事。
家祭當天，媒體拍到金美齡全程緊跟賴清德，她說「我也沒有預計到說我會從頭到尾帶路，（代表處）沒有事先安排，你們大家領稅金在日本代表處，沒有好好做事情，尤其是謝長廷當天沒有來。」
金美齡還說，「我有問賴副總統，謝長廷為什麼沒有來，賴副總統跟我說他另外有約啦，事先安排哪有比那天的儀式更重要，你本身不知道事情的輕重，賴副總統如果沒有遇到我，他也不一定有辦法進會場」。
事情發酵多日，謝長廷17日深夜在臉書發文回應，表示家祭是親人或視同親人的密友參加，「我沒受邀請就不便去，所以和賴副商量他去的接送程序，而我則去參加原定已經請人代理的兩個行程」。
謝長廷還說「她多我12歲，駡我幾句無妨」，不過他要替同仁說公道話，凡是處理入境、行程、飯店、交通、路線等手續，都是全力協助，家祭當天站在前面忙著聯絡車子的人就是代表處的傅組長，「雖然是份內應該做的，但不能說沒有做事」。
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